Jalur khusus pondok pesantren merupakan jalur seleksi masuk ke Universitas Cordova melalui kerjasama khusus dengan pondok pesantren.

Keistimewaan:
1. Bebas biaya pendaftaran
2. Bebas tes masuk
3. Bebas biaya pembangunan 50% (dari total biaya pembangunan)
4. Bebas biaya SPP 2 semester
5. Berkesempatan mendapatkan Beasiswa dari Yayasan Wakaf Pondok Pesantren Al-Ikhlas
(YWPPI) sebesar 40% - 100% dari total SPP